Il toponimo è composto da Villa e dalla specificazione “estense”, che fa riferimento al vicino centro, Este. Prima dell'anno 1867 era chiamata Villa di Villa, ma il nome venne modificato per non confonderla con le località omonime del trevigiano e del bellunese. È citata molte volte in documenti attestanti donazioni o loro conferme: nel 1077 nell'elenco dei beni che l'imperatore Enrico IV conferma a Ugo e Folco d'Este; nel 1139, il 4 dicembre, nella donazione di Azzo e Folco d'Este al monastero di Santa Maria delle Carceri; nel 1140, in una donazione del marchese Bonifacio al medesimo monastero; nel 1148, in una conferma di papa Lucio II dei possedimenti di Santa Tecla d'Este; nel 1177, infine, nella conferma di beni da parte di Federico Barbarossa al monastero di Santa Maria della Vangadizza. A parte queste notizie, non ve ne sono altre di rilievo nella sua storia, che segune le vicende del territorio circostante. La parrocchiale di Sant' Andrea ha assunto questo ruolo dalla chiesa di Santa Colomba, abbandonata a causa delle inondazioni della Fossa Lovara del 1476 o più probabilmente per la peste del XIV secolo. In origine, Sant'Andrea presentava tre navate, ma nel 1793 fu ricostruita su una navata. Il campanile attuale è del 1894. Palazzo Sambonifacio, possedimento di un'importante famiglia locale, è in stile neoclassico e presenta due ali e un corpo principale; ha un grande giardino circondato da mura con cancelli in ferro battuto; l'entrata principale è costituita da due pilastri sormontati da statue di guerrieri della famiglia Sambonifacio. Annessi a questo sono: una barchessa, la cappella di San Giuseppe con le tombe di famiglia e le scuderie. Importanti esempi di architettura civile sono: villa dei Grompo-Pigafetta, palazzo Descalzi e palazzo Valentinelli.